In vielen Verwaltungsverfahren ist es möglich die Kosten und Gebühren direkt zu ermitteln. E-Payment ermöglicht die Bezahlung direkt im Rahmen der Antragstellung. So können besonders bürgerfreundliche E-Government-Services angeboten werden.
AFS unterstützt die Anbindung namhafter E-Payment Anbieter wie AdminPay, BillingOnline (beides PostFinance), PayUnity (SIX Payment Services), QPay (Wirecard) und SaferPay (SIX Payment Services). Dabei wird sichergestellt, dass die Einreichung erst nach bestätigter Zahlung erfolgt.